З 2018 року відділ аспірантури та докторантури очолює доктор медичних наук, професор Макаренко Ольга Володимирівна.

Протягом усього періоду існування відділу його очолювали такі вчені, як професор Луковський Л.А., доцент Вільковський Л.В., професор Мосійчук М.М., доцент Станкевич В.І., доцент Йолтишева Т.І., професор Родинський О.Г. В період реформування вищої освіти в Україні, а саме, підготовки науково-педагогічних кадрів та ліцензування підготовки здобувачів вищої освтіи ступеня доктора філософії та доктора наук з 2016 по 2018 рр. відділ магістратури, аспірантури та докторантури очолювала доктор медичних наук, доцент Онул Наталія Михайлівна.

Відділ магістратури, аспірантури та докторантури є структурним підрозділом, діяльність якого у складі наукової частини ДЗ "Дніпропетровська медична академія МОЗ України" спрямована на організацію, планування та управління підготовкою здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук, ведення обліку та звітності з питань підготовки науково-педагогічних кадрів.

З 2016 року, у зв’язку із реформуванням системи підготовки наукових і науково-педагогічних кадрів в Україні, підготовка аспірантів, докторантів у ДМА (з 2021 р. ДДМУ) здійснюється згідно з Постановою КМУ від 23 березня 2016 р. N 261 «Порядок підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у вищих навчальних закладах (наукових установах)».

Провадження освітньої діяльності у сфері вищої освіти за третім освітньо-науковим рівнем з підготовки здобувачів ступеня доктора філософії здійснюється в аспірантурі за очною (денною, вечірньою) та заочною формами навчання, а також поза аспірантурою (для осіб, які професійно провадять науково-педагогічну діяльність за основним місцем роботи у ДМА (з 2021 р. ДДМУ)). Підготовка здобувачів ступеня доктора наук здійснюється в докторантурі за очною (денною) формою навчання та шляхом самостійної підготовки їх наукових досягнень до захисту.

Підготовка здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у ДДМУ здійснюється за наступними галузями знань і спеціальностями:

Галузь знань: 09 Біологія, спеціальність 091 Біологія;

Галузь знань: 22 Охорона здоров´я, спеціальності:

221 Стоматологія;

222 Медицина;

227 Фізична терапія, ерготерапія;

228 Педіатрія;

229 Громадське здоров’я.

Ліцензований обсяг за спеціальностями становить (згідно з наказами МОН України: №707 від 23.06.2016 «Про ліцензування освітньої діяльності на третьому освітньо-науковому рівні» (ідентифікаційний код 02010681) та №95-л від 15.05.2017 «Про ліцензування освітньої діяльності на третьому освітньо-науковому рівні» (ідентифікаційний код 02010681)) та №242-л від 14.03.2018 "Про ліцензування освітньої діяльності":

- 091 Біологія: 25 осіб очної, заочної форм навчання.

- 221 Стоматологія: 12 осіб очної, заочної форм навчання.

- 222 Медицина: 25 осіб очної, заочної форм навчання.

- 227 Фізична терапія,ерготерапія: 25 осіб очної, заочної форм навчання.

- 228 Педіатрія: 15 осіб очної, заочної форм навчання.

- 229 Громадське здоров’я: 15 осіб очної, заочної форми навчання.

Продовжує функціонувати атестована та затверджена Міністерством освіти і науки України аспірантура за 36 науковими спеціальностями та докторантура за 4 спеціальностями в галузі медичних, біологічних та фармацевтичних наук згідно з Постановою КМУ від 1 березня 1999 р. N 309 «Про затвердження Положення про підготовку науково-педагогічних і наукових кадрів».

ДДМУ є одним із лідерів підготовки наукових та науково-педагогічних медичних кадрів в Україні – ефективність аспірантури та магістратури щороку становить 100%.